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nanoporetech 使用納米孔測(cè)序技術(shù)的微生物學(xué)

 更新時(shí)間:2021-02-08 點(diǎn)擊量:1093

 

 nanoporetech 使用納米孔測(cè)序技術(shù)的微生物學(xué)

完整的細(xì)菌,真菌和病毒(DNA或RNA)基因組,可進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間的納米孔測(cè)序。通過(guò)快速的病原體檢測(cè)方法(無(wú)論是在實(shí)驗(yàn)室還是在野外),從環(huán)境或單一生物樣品中鑒定并鑒定微生物。如果需要,還應(yīng)附有抗菌素耐藥性分析。使用直接RNA或cDNA方法對(duì)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行測(cè)序,以進(jìn)行準(zhǔn)確的基因表達(dá)和轉(zhuǎn)錄本亞型分析。

 
  • 通過(guò)長(zhǎng)讀和超長(zhǎng)讀來(lái)簡(jiǎn)化從頭組裝并校正參考基因組
  • 解決結(jié)構(gòu)變化和重復(fù)區(qū)域
  • 測(cè)序和定量全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本,以進(jìn)行明確的基因表達(dá)和亞型分析
  • 通過(guò)直接測(cè)序消除偏倚并鑒定表觀(guān)遺傳修飾
  • 實(shí)時(shí)獲取結(jié)果,包括物種識(shí)別
  • 使用Flongle,MinION,GridION或PromethION擴(kuò)展到您的需求

 

 

全面分析微生物基因組(DNA或RNA)。準(zhǔn)確定位重復(fù)區(qū)域和結(jié)構(gòu)變異,并使用長(zhǎng)測(cè)序讀數(shù)將質(zhì)粒與基因組區(qū)分開(kāi)。簡(jiǎn)化從頭組裝并更正現(xiàn)有的參考基因組。可擴(kuò)展以適應(yīng)您從工作臺(tái)到現(xiàn)場(chǎng)的需求。

  • 準(zhǔn)確解析具有挑戰(zhàn)性的基因組區(qū)域(結(jié)構(gòu)變異和重復(fù)) 
  • 簡(jiǎn)化從頭組裝和正確的參考基因組,長(zhǎng)讀
  • 使用全基因組,靶向和多路復(fù)用方法
  • 無(wú)需PCR的直接DNA和RNA測(cè)序消除了偏倚
  • 通過(guò)實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)流獲得即時(shí)結(jié)果
  • 可擴(kuò)展以滿(mǎn)足您的需求-1.8 Gb Flongle;30 Gb MinION;150 Gb GridION; 4,800 / 9,600 Gb PromethION P24 / P48

 

 

實(shí)時(shí)準(zhǔn)確識(shí)別微生物和相關(guān)的抗藥性(AMR)。Oxford Nanopore提供了完整的解決方案-從快速的10分鐘文庫(kù)制備(DNA)到使用EPI2ME平臺(tái)的實(shí)時(shí)系統(tǒng)發(fā)育和AMR分析。使用宏基因組或靶向16S rRNA方法。使用便攜式MinION或臺(tái)式GridION或PromethION設(shè)備在樣品源處或?qū)嶒?yàn)室中進(jìn)行測(cè)序。

  • 實(shí)時(shí)識(shí)別微生物和AMR,并通過(guò)長(zhǎng)時(shí)間閱讀來(lái)區(qū)分密切相關(guān)的菌株
  • 快速的全基因組或靶向(例如16S)方法簡(jiǎn)化了工作流程
  • 使用便攜式MinION和Flongle在樣品源處進(jìn)行測(cè)序
  • 多重樣品獲得更具成本效益的結(jié)果
  • 可擴(kuò)展以滿(mǎn)足您的需求-1.8 Gb Flongle;30 Gb MinION;150 Gb GridION; 4,800 / 9,600 Gb PromethION P24 / P48

 

使用全長(zhǎng)納米孔測(cè)序讀數(shù),解析轉(zhuǎn)錄本亞型并測(cè)量真實(shí)的基因表達(dá)譜。低投入量與快速,簡(jiǎn)化的工作流程相結(jié)合,可進(jìn)行高度敏感的基因表達(dá)分析

  • 測(cè)序完整的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本,以明確鑒定轉(zhuǎn)錄本亞型
  • 準(zhǔn)確定量同工型以進(jìn)行敏感的基因表達(dá)分析
  • 使用直接cDNA或直接RNA測(cè)序消除PCR偏倚
  • 輕松識(shí)別反義轉(zhuǎn)錄本和lncRNA亞型
  • 新增功能:使用更新的RNA和cDNA測(cè)序試劑盒,只需較少的投入即可獲得更高的產(chǎn)量

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微生物表現(xiàn)出許多類(lèi)型的堿基修飾,可影響一系列功能,包括基因表達(dá)和抗菌素耐藥性。與基于替代測(cè)序的分析方法不同,納米孔測(cè)序不需要擴(kuò)增或鏈合成,可以減少偏差并保留修飾的堿基信息,這些信息可以與核苷酸序列一起直接檢測(cè)到-無(wú)需額外的樣品轉(zhuǎn)換。 

  • 在一次測(cè)定中鑒定修飾的堿基和核苷酸序列
  • 將基本修改記錄為標(biāo)準(zhǔn)-準(zhǔn)備就緒時(shí)進(jìn)行分析
  • 使用無(wú)PCR的全基因組,全轉(zhuǎn)錄組或靶向測(cè)序方法
  • 使用核苷酸類(lèi)似物探索基因組復(fù)制
  • 快速的10分鐘文庫(kù)制備(DNA)-不需要亞硫酸氫鹽或化學(xué)轉(zhuǎn)化
  • 使用越來(lái)越多的工具來(lái)分析數(shù)據(jù)

 

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