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TGIRT™ 改進(jìn)的模塊化模板切換 RNA-seq 試劑盒說明書

 更新時(shí)間:2021-06-10 點(diǎn)擊量:1690

 

 

ingex TGIRT™ 改進(jìn)的模塊化模板切換 RNA-seq 試劑盒說明書

 
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套件內(nèi)容清單:

TGIRT 試劑盒內(nèi)容(10 次反應(yīng)或 25 次反應(yīng)):

TGIRT ® -III酶,1×10米升(KTGIRT-10)或3×10米升(KTGIRT-25)

10X引物混合物50米升(PM-110)

10 x DTT,50毫升(D-121)

5 x 反應(yīng)緩沖液,100毫升(RX-120)

 

  • 該試劑盒包括TGIRT ® -III 酶、RNA 和 DNA 寡核苷酸的混合物,可退火形成 R2 RNA/R2R DNA 異源雙鏈體,其中包含第一個(gè)接頭序列、二硫蘇糖醇 (DTT)和反應(yīng)緩沖液以進(jìn)行 TGIRT ®模板- Illumina RNA-seq 和 ssDNA-seq 分析的轉(zhuǎn)換反應(yīng)。7,8,9,10,12該試劑盒能夠合成 RNA 模板的 cDNA 拷貝,其中第一個(gè) RNA-seq 接頭與 cDNA 的 5' 末端無縫連接。對(duì)于 RNA-seq 文庫構(gòu)建,DNA 寡核苷酸(單獨(dú)購買)包含在PCR 擴(kuò)增之前,必須使用耐熱 5'AppDNA/RNA 連接酶(新英格蘭生物實(shí)驗(yàn)室;M0319S 或 M0319L)將第二個(gè) RNA-seq 接頭序列添加到 cDNA 的 3' 末端。

我可以做哪些實(shí)驗(yàn)?

1. 全面的鏈特異性轉(zhuǎn)錄組分析。8

2. 全細(xì)胞、外泌體、血漿和其他無細(xì)胞 RNA 的 RNA-seq。7、8、15

3. miRNA、tRNA 和其他小的非編碼 RNA 的分析。1-9,12,15

4. RIP-seq、HITS-CLIP、irCLIP 和 CRAC,??用于表征 RNA-蛋白質(zhì)相互作用和核糖體分析。1,10,115。

5. 通過高通量測序鑒定 RNA 堿基修飾。4、5、13、14

6. 單鏈 DNA 序列。16

7. FFPE腫瘤樣本分析(咨詢InGex技術(shù)支持)。

這就是您應(yīng)該使用 TGIRT 的原因:

  • 比逆轉(zhuǎn)錄病毒逆轉(zhuǎn)錄酶具有更高的熱穩(wěn)定性、持續(xù)合成能力和保真度,允許從高度結(jié)構(gòu)化和/或高度修飾的 RNA(例如,tRNA)和含有富含 GC 重復(fù)擴(kuò)增的 RNA 合成全長、端到端的 cDNA。1-9,12,15,17
  • 新穎的端到端模板切換活動(dòng),可以在逆轉(zhuǎn)錄過程中連接 RNA-seq 或 PCR 接頭,并且無需單獨(dú)的加尾或 RNA 3'-接頭連接步驟。1這種模板轉(zhuǎn)換活動(dòng)大大地促進(jìn)了鏈特異性 RNA-seq 文庫的構(gòu)建,與使用隨機(jī)六聚體引物或使用 RNA 連接酶進(jìn)行接頭連接的程序相比,偏差更小。1,7,8
  • 能夠從低至 2 ng 的 RNA 輸入生成全面的配置文件。7,15
  • 從 RNA 模板到 PCR 產(chǎn)物的 RNA-seq 文庫構(gòu)建耗時(shí)不到 5 小時(shí)。7、8、15

TGIRT 更適合通過 TGIRT 模板切換構(gòu)建 RNA-seq 文庫:

1. 全面的鏈特異性轉(zhuǎn)錄組分析。

與非鏈特異性 TruSeq v2 相當(dāng)且優(yōu)于鏈特異性 Tru-Seq v3,TGIRT®-seq 的 ribodepleted、碎片化通用人類參考 RNA 樣本概括了人類轉(zhuǎn)錄本和摻入的相對(duì)豐度。TGIRT®-seq 明顯比 TruSeq v3 更具鏈特異性,并消除了 TruSeq 固有的隨機(jī)六聚體引發(fā)的采樣偏差。與 TruSeq 相比,TGIRT®-seq 顯示出更均勻的 5' 到 3' 基因覆蓋并識(shí)別出更多的剪接點(diǎn)。TGIRT®-seq 能夠同時(shí)分析同一 RNA-seq 中的 mRNA 和 lncRNA 作為結(jié)構(gòu)化的小 ncRNA,包括 TruSeq 數(shù)據(jù)集中基本上不存在的 tRNA。8

2. 人類全細(xì)胞、外泌體、血漿和其他細(xì)胞外 RNA 的 RNA-seq。

快速處理時(shí)間(通過 PCR 步驟構(gòu)建 RNA-seq 文庫<5 小時(shí));需要少量 RNA(低 ng 范圍);全面的轉(zhuǎn)錄譜,包括 mRNA 和 lncRNA 以及小 ncRNA,包括 tRNA、pre-miRNA 和其他結(jié)構(gòu)化小 ncRNA 的全長讀數(shù);不需要RNA連接酶;與傳統(tǒng)方法相比,偏差更少、效率更高、鏈特異性更高。7、8、15

3. 高度結(jié)構(gòu)化和/或高度修飾的 RNA 模板的 RNA-seq。

更高的熱穩(wěn)定性、持續(xù)合成能力和鏈置換使得獲得 tRNA 和其他結(jié)構(gòu)化/修飾的小 ncRNA 的全長、端到端 cDNA 成為可能,這些 ncRNA 對(duì)逆轉(zhuǎn)錄病毒 RT 具有抵抗力。4-9,12-15。

4. 在 RIP-seq、HITS-CLIP、irCLIP、CRAC、核糖體分析等方法中,通過 TGIRT® 模板切換構(gòu)建 RNA-seq 文庫。

快速處理時(shí)間(通過 PCR 步驟構(gòu)建 RNA-seq 文庫<5 小時(shí));需要少量 RNA(低 ng 范圍);不需要 RNA 連接酶,程序中的步驟更少,偏差更小,效率更高。1,10,11

5. 人血漿和大腸桿菌 基因組DNA 的ssDNA-seq 。

通過直接在 DNA 鏈的 3' 末端啟動(dòng) DNA 合成,同時(shí)連接 DNA-seq 接頭,無需末端修復(fù)、拖尾或連接,從而以更簡單的工作流程捕獲精確的 DNA 末端。能夠分析核小體定位、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)、DNA 甲基化位點(diǎn)和起源組織。

 

 

 

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